Die durchgehende ATPL-Ausbildung ist die mit am häufigsten gewählte Ausbildungsvariante auf dem Weg zum Verkehrspiloten und bietet sich an, wenn man noch gar keine oder nur sehr geringe Flugerfahrung hat. Sehr geringe Flugerfahrung heißt bis 80 Flugstunden. Denn der Gesetzgeber erkennt 50%, maximal aber 40 Flugstunden davon für die durchgehende ATPL-Ausbildung an. Wer also wesentlich mehr hat, sollte sich für eine modulare ATPL-Ausbildung entscheiden.

In der durchgehenden ATPL-Ausbildung wird parallel zur Theorieausbildung die Flugausbildung in mehreren Phasen wie Sichtflug und Instrumentenflug absolviert. 
Am Ende der Ausbildung wird in einer Theorieprüfung alle ATPL-Lehrinhalte beim Luftfahrt-Bundesamt abgeprüft, die praktische Ausbildung endet mit der CPL/IR Prüfung.
Die Praxisausbildung setzt sich zusammen aus der Dual-Ausbildungszeit mit Fluglehrer, der notwendigen Solo-Flugzeit mit Flugauftrag unter Aufsicht und der SPIC-Flugzeit (Student Pilot in Command), in der der Fluglehrer den Flug an Bord nur noch überwacht. Von der modularen Ausbildung unterscheidet sich die durchgehende Ausbildung im Wesentlichen durch die um die SPIC Zeiten höhere Anzahl an Flugstunden mit Fluglehrer an Bord. Somit ist im Rahmen der durchgehenden Ausbildung von Beginn bis zur Prüfung eine durchgehende Qualitätskontrolle des Ausbildungsunternehmens gewährleistet. Dies ist auch ein Grund dafür, warum Airlines Verkehrspiloten mit einer durchgehenden Ausbildung bevorzugen.
Mit dem MCC-Kurs (Multi Crew Cooperation) schließt die Ausbildung ab und Sie bekommen eine „Frozen“ („eingefroren“) ATPL ausgestellt, technisch ganz korrekt eine CPL(A) IR mit ATPL Theory Credit und MCC Credit.
Damit ist man für das Berufsleben ausgebildet - „Ready Entry“ und kann auf Jobsuche gehen.
Am Anfang Ihrer beruflichen Karriere werden Sie bei einer Airline als Kopilot, also als Erster Offizier eingesetzt. In diesem Rahmen erwerben Sie eine Musterberechtigung auf dem Flugzeugmuster, auf dem Sie eingesetzt werden. Nach ca. 1.300 Flugstunden auf Verkehrsflugzeugen mit einer Mindestbesatzung von zwei Piloten wird Ihre ATPL vollständig anerkannt und Sie können Kapitän werden. Die „Frozen“-ATPL-Lizenz wird „aufgetaut“.

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